- 李丹秀1;何阳菘1;程浩1;庞茂桂1;叶小妮2;安广洲1;周云1;卢瑗瑗2;赵晓迪2;王新1
<b>目的</b> 通过癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库筛选肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)中关键的增强子RNA(enhancer RNA,eRNA),探究其作为HCC预后分子和治疗靶点的潜力。<b>方法</b> 从TCGA数据库中检索下载33种癌症类型的基因表达RNA-seq配置文件,应用Kaplan-Meier生存分析和Spearman相关分析筛选与HCC患者生存相关的eRNA和靶基因。评估目的eRNA与临床特征的相关性。进行基因集富集分析以研究目的eRNA潜在的生物学功能。在HCC细胞株Hep 3B中分别构建AP003469.2和靶基因酪氨酸/色氨酸羟化酶激活蛋白ζ(tyrosine and tryptophan hydroxylaseactivators zeta,<i>YWHAZ</i>)功能缺失细胞模型,定量实时PCR检测AP003469.2敲低后对YWHAZ表达的影响。应用体外增殖实验和transwell实验探究AP003469.2和<i>YWHAZ</i>敲低对细胞增殖和迁移、侵袭能力的影响。在泛癌中验证目的eRNA在其他癌种中的预后潜能。<b>结果</b> 在HCC中,AP003469.2和靶基因<i>YWHAZ</i>与患者不良预后相关,且AP003469.2的表达在患者的组织病理学分级、AJCC分期和T分期方面,差异均具有统计学意义(均<i>P</i><0.05)。基因和通路富集分析结果显示,AP003469.2与参与中性粒细胞脱颗粒、中性粒细胞活化、细胞外基质降解、细胞骨架蛋白重构、细胞伪足和细胞黏附等生物学行为的分子和调控通路相关;进一步分析发现,AP003469.2可能通过中性粒细胞细胞陷阱和细胞伪足调控HCC的发生和发展。定量实时PCR实验证实AP003469.2对靶基因<i>YWHAZ</i>转录的促进作用(<i>P</i><0.05)。CCK-8和transwell实验表明,AP003469.2和<i>YWHAZ</i>敲低均可抑制HCC细胞株Hep 3B的增殖、迁移和侵袭能力(均<i>P</i><0.01)。<b>结论</b> AP003469.2可能是HCC中的关键eRNA,有潜力成为HCC早期诊断和预后的标志物和治疗靶点。
2022年02期 128-137页 [查看摘要][在线阅读][下载 2703K] - 吴侃1;杨邵瑜2;李鑫2;朱鲁程1;陈雪琴2;马胜林1
<b>目的</b> 分析晚期肺癌患者免疫检查点抑制剂治疗疗效,探索临床预测因素。<b>方法</b> 回顾性分析2017年至2020年于浙江大学医学院附属杭州市肿瘤医院接受免疫检查点抑制剂治疗的84例晚期肺癌患者的临床资料,根据免疫治疗实体瘤反应评价标准(immune response evaluation criteria in solid tumor,iRECIST)进行最佳疗效评估,Kaplan-Meier法统计无进展生存期和总生存期。单因素和多因素Cox分险比例回归模型分析预后相关因素。<b>结果</b> 84例晚期肺癌患者中,免疫完全缓解1例,免疫部分缓解25例,免疫疾病稳定34例,免疫疾病进展24例。中位总生存期为25.93个月,中位无进展生存期为6.90个月。多因素Cox回归分析显示,大剂量激素治疗史( <i>HR</i>=2.518,<i>P</i>=0.004)、二线及以上治疗( <i>HR</i>=2.394,<i>P</i>=0.003)和高中性粒细胞/淋巴细胞比值(neutrophil to lymphocyte ratio,NLR ; <i>HR</i>=2.682,<i>P</i>=0.001)是晚期肺癌免疫治疗后无进展生存期的独立危险因素。大剂量激素治疗史( <i>HR</i>=3.216,<i>P</i>=0.002)和高NLR( <i>HR</i>=4.125,<i>P</i><0.01)是总生存期的独立危险因素。<b>结论</b> 免疫检查点抑制剂治疗是晚期肺癌一种有效的治疗方式。一线尽早使用免疫检查点抑制剂治疗能够增加生存获益,首次最佳疗效时NLR水平有一定的预后价值,使用大剂量激素与预后不佳有一定的相关性。
2022年02期 138-145页 [查看摘要][在线阅读][下载 838K] - 陶月佳1;赵媛1;李冰1;徐远义1;黄允宁2
<b>目的</b> 探讨胃癌中真核起始因子4A-3(eukaryotic initiation factor 4A-Ⅲ,EIF4A3)的表达及与临床病理特征的关系。<b>方法</b> 通过Tumor Immune Estimation Resource(TIMER)数据库分析EIF4A3在不同肿瘤中的表达水平。NCBI数据库分析EIF4A3在正常组织中的表达水平。Gene Expression Profiling Interactive Analysis(GEPIA)数据库分析EIF4A3在胃癌与癌旁正常组织中的相对表达水平。UCLCAN数据库基于胃癌患者性别、年龄、肿瘤分期及肿瘤分级等亚组分析EIF4A3相对表达情况。KM plotter数据库分析EIF4A3对胃癌患者总生存的影响。通过Starbase数据库分析EIF4A3与肿瘤坏死因子α(tumornecrosis factor α,TNF-α)/核因子κB (nuclear factor kappa-B,NF-κB)信号通路的相关性。收集2020年1月至2020年11月在宁夏回族自治区人民医院经手术治疗的29例患者的胃癌组织和癌旁组织。通过免疫组织化学、细胞免疫荧光、Western blot及实时定量聚合酶链式反应(real-time quantitative polymerase chain reaction,RT-qPCR)检测胃癌及癌旁正常组织、胃癌细胞株(HGC-27、MKN-45和AGS)和正常胃上皮细胞株(GES-1)中EIF4A3 mRNA和蛋白的表达水平。<b>结果</b> TIMER数据库结果显示,EIF4A3在包含胃癌在内的多种恶性肿瘤中均高表达(均<i>P</i><0.05)。NCBI数据库显示,EIF4A3在食管、胃和结肠等正常组织中低表达。GEPIA数据库显示,EIF4A3在胃癌组织中相对高表达。UCLCAN数据库亚组分析结果显示,胃癌患者EIF4A3的转录水平在年龄、淋巴结转移、肿瘤分期和肿瘤分级亚组中均高于健康对照组(均<i>P</i><0.01)。KM plotter数据库结果显示,EIF4A3的表达状态与患者总生存期相关( <i>HR</i>=0.74,95%<i>CI</i> :0.63~0.88,<i>P</i><0.01)。Starbase数据库结果显示,EIF4A3与TNF-α/NF-κB信号通路中TNF和NF-κB亚单位1(NF-κB subunit 1,NFKB1)均呈正相关( <i>r</i>=0.152,<i>P</i><0.01 ; <i>r</i>=0.100,<i>P</i><0.01)。免疫组织化学、细胞免疫荧光、Western blot及RT-qPCR均显示,EIF4A3在胃癌组织及胃癌细胞株中均高表达(均<i>P</i><0.01)。<b>结论</b> EIF4A3在胃癌及胃癌细胞株中高表达,与胃癌患者的肿瘤分期和肿瘤分级等临床病理特征密切相关,EIF4A3高表达与胃癌患者的不良预后有关,其在胃癌中的作用机制可能是通过影响TNF-α/NF-κB信号通路参与胃癌的发生和发展。
2022年02期 146-153页 [查看摘要][在线阅读][下载 2243K] - 张雨雁;陈学军
<b>目的</b> 通过生物信息学方法,筛选可能与结肠癌诊断、预后及免疫浸润相关的基因。<b>方法</b> 从GEO数据库中下载数据集,并筛选出结肠癌差异基因,通过STRING数据库和Cytoscape软件筛选出核心基因CXC型趋化因子配体2(CXC chemokineligand 2,<i>CXCL2</i>)和血小板反应蛋白2(thrombospondin-2,<i>THBS2</i>)。通过GEPIA和UALCAN数据库分析CXCL2和THBS2表达水平与预后关系以及其表达与结肠癌患者临床特征之间的关系。TIMER数据库分析CXCL2和THBS2与结肠肿瘤免疫细胞浸润的相关性。LinkedOmics和DAVID数据库分析<i>CXCL2</i>和<i>THBS2</i>基因的正相关基因和KEGG通路。<b>结果</b> 鉴定出结肠癌相关的核心基因16个,包括<i>CXCL2</i>和<i>THBS2</i>。CXCL2和THBS2在结肠癌中的表达均高于正常组织(均<i>P</i><0.05),且在年龄、性别、分期和淋巴结转移方面比较,差异均具有统计学意义(均<i>P</i><0.05)。CXCL2高表达组患者5年生存率高于低表达组(<i>P</i><0.05),THBS2高表达组患者5年生存率低于低表达组( <i>P</i><0.05)。<i>CXCL2</i>和<i>THBS2</i>基因参与结肠癌肿瘤细胞的免疫浸润。KEGG通路显示<i>CXCL2</i>主要参与细胞因子受体的相互作用、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)信号通路和趋化因子信号通路等。<i>THBS2</i>主要参与细胞外基质(extracellular matrix,ECM)-受体相互作用、血小板活化和磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(phosphatidylinositide 3-kinases/protein kinase B,PI3K-Akt)信号通路等。<b>结论</b> <i>CXCL2</i>和<i>THBS2</i>为结肠癌诊断及预后相关基因,参与多种分子调控通路,可作为结肠癌潜在的生物标志物。
2022年02期 154-162页 [查看摘要][在线阅读][下载 3319K] - 向瑶1;2;周伟弘3;王桃丽2;王俊普1;3
<b>目的</b> 发掘结肠腺癌(colon adenocarcinoma,COAD)免疫预后标志物并精准预测COAD生存风险。<b>方法</b> 从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库下载COAD患者的临床信息以及RNA-seq数据,获取差异的免疫相关基因(differential immune related gene,DEIRG)。利用单变量和多变量Cox比例风险回归模型鉴定具有预后价值的免疫基因构建模型。利用Kaplan-Meier法分析模型中高风险和低风险患者的生存状态,并使用受试者操作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线评估该风险评分模型的准确度,并且从样本中随机抽取70%的病例作内部验证。采用单因素和多因素Cox回归分析,确定COAD的独立预后因素。<b>结果</b> 利用单因素和多因素Cox比例风险回归分析确定载脂蛋白12(lipocalin 12,<i>LCN12</i>)、嗜铬素A(chromogranin A,<i>CHGA</i>)、抑制素β亚基(inhibin subunit beta B,<i>INHBB</i>)、R3H域包含像(R3H domain containinglike,<i>R3HDML</i>)和黑皮质素1受体(melanocortin 1 receptor,<i>MC1R</i>)为COAD患者预后风险模型中的5个风险基因(均<i>P</i><0.05),对该模型进行风险评分,高风险组患者总生存时间较低风险组短(<i>P</i>=0.007),在随机抽取的内部测试组中得到验证,高风险组患者预后较低风险组差(<i>P</i>=0.028)。风险评分预测1年和3年总生存的ROC曲线下面积(area under curve,AUC)为0.715和0.683,内部验证组ROC AUC分别为0.736和0.673。单因素和多因素Cox分析显示,在实验组及内部验证组中风险评分是COAD的独立预后因素(<i>P</i><0.01)。<b>结论</b> 开发并验证的COAD免疫预后基因<i>LCN12</i>、<i>CHGA</i>、<i>INHBB</i>、<i>R3HDML</i>和<i>MC1R</i>可提高COAD筛查及诊断效率,并对鉴定高或低生存风险的COAD患者亚组的治疗具有意义。
2022年02期 163-169,170页 [查看摘要][在线阅读][下载 1597K]